Durante le invasioni barbariche, Pozzuolo, come altri paesi friulani, si raggruppò attorno alla cortina costruita per difendere il paese e vicino alla chiesa.

Bisogna però aspettare il 921 perché il nome di Pozzuolo appaia per la prima volta in un documento, e precisamente nella donazione che l'imperatore Berengario I fece del paese e del castello al Patriarca d'Aquileia. Sempre nell'ambito del patriarcato, Pozzuolo, nel XIII secolo, è retto dalla vicinia. Più tardi, nei pressi di Pozzuolo, si svolse nel 1411 una battaglia tra Udinesi e Cividalesi.

Nel 1420 Udine, con la vicina Pozzuolo e tutto il territorio del Patriarcato, si trovò sotto il dominio della Repubblica di Venezia. Durante le scorrerie dei Turchi, e precisamente nel 1477, Pozzuolo fu da questi completamente distrutta e di nuovo, nell'ultimo assalto turco, avvenuto nel 1499, il paese fu devastato da un incendio.

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